A Seção de Controle de DST/Aids, através da articulação com as coordenadorias regionais de saúde, municípios, parceiros intersetoriais e organizações da sociedade civil, tem como diretriz a atenção integral aos usuários, contemplando desde a promoção e prevenção à saúde até o cuidado integral às pessoas vivendo com HIV/Aids (PVHA). A temática IST/Aids transversaliza as demais políticas de saúde considerando as diversidades e populações vulneráveis.

A Seção Estadual estrutura-se em quatro eixos.