Em conformidade com o Regulamento Técnico estabelecido, o Ministério da Saúde adotou medidas para a estruturação do Sistema Nacional de Transplantes. Confira:

1. Coordenação Nacional do Sistema Nacional de Transplantes: Essa coordenação é responsável pela normatização e regulamentação dos procedimentos relativos à captação, alocação e distribuição de órgãos. Está sob sua responsabilidade o controle, inclusive social, das atividades que se desenvolvem no País nesta área, mediante articulação com todos os integrantes do SNT, sejam órgãos estaduais e municipais ou prestadores de serviços, além da análise das comunicações advindas da imprensa e da sociedade, para o planejamento estratégico da atividade do sistema e identificação e correção de falhas verificadas no seu funcionamento. 
   É também atribuição do órgão central do SNT credenciar centrais de notificação, captação e distribuição de órgãos e autorizar estabelecimentos de saúde e equipes especializadas a promover retiradas, transplantes ou enxertos de tecidos, órgãos e partes do corpo.
   
   
2. Grupo Técnico de Assessoramento: Para assistir a Coordenação Nacional do SNT no exercício de suas funções, foi criado, em agosto de 1998, o Grupo Técnico de Assessoramento (GTA). Tem por atribuição propor diretrizes para a política de transplantes e enxertos, propor temas de regulamentação complementar, identificar os índices de qualidade para o setor, analisar os relatórios com os dados sobre as atividades do SNT e dar parecer sobre os processos de cancelamento de autorização de estabelecimentos e equipes para a retirada de órgãos e realização de transplantes ou enxertos.
   
   
3. Centrais Estaduais de Transplante: A partir da aprovação do Regulamento Técnico de Transplantes, o Ministério da Saúde desenvolveu, em parceria com as Secretarias Estaduais de Saúde, um grande esforço no sentido de implantar nos estados as Centrais de Notificação, Captação e Distribuição de Órgãos (CNCDO), também chamadas de Centrais Estaduais de Transplante.
   
   
4. Central Nacional de Transplante: Como a atividade das Centrais Estaduais se dá no âmbito estadual e com o desenvolvimento e incremento das atividades de transplante no País, surgiu a necessidade da criação de uma estrutura que articulasse as ações interestaduais. Assim, em 16 de agosto de 2000, foi criada a Central Nacional de Transplantes, que funciona 24 horas por dia no Aeroporto de Brasília. A Central Nacional articula o trabalho das Centrais Estaduais e provê os meios para as transferências de órgãos entre estados com vistas a contemplar as situações de urgência e evitar os desperdícios de órgãos sem condições de aproveitamento da sua origem. Assim, exemplificando, quando um coração é doado e retirado num estado que não realize transplante desse órgão, o mesmo é disponibilizado para a Central Nacional que o transfere para o estado mais próximo que realize o procedimento. Esta atividade tem garantido um melhor aproveitamento dos órgãos captados.
   Para apoiar as ações da Central Nacional, viabilizar e agilizar seu trabalho dentro dos prazos exíguos que se dispõe para operacionalizar os procedimentos envolvidos na sua atividade, o Ministério da Saúde, em janeiro de 2001, celebrou Termo de Cooperação com 15 empresas aéreas reunidas no Sindicado Nacional das Empresas Aéreas. Esta cooperação vem garantindo o transporte gratuito de órgãos e, eventualmente, de equipes médicas de retirada.
   
   
5. Comissões Intra-Hospitalares de Transplante: Com o objetivo de aumentar a captação de órgãos e apoiar as atividades da CNCDO, foi estabelecida a obrigatoriedade da existência de Comissões Intra-Hospitalares de Transplantes nos hospitais com UTI do tipo II ou III, hospitais de referência para urgência e emergência e hospitais transplantadores. Essas comissões desenvolvem, em seus hospitais, o processo de identificação de potenciais doadores em morte encefálica ou coração parado, a abordagem familiar para autorização, além da triagem clínica e sorológica. Também articulam com a CNCDO estadual e/ou nacional a formalização da documentação necessária e o processo de retirada e transporte de órgãos e equipes.
   
   
6. Bancos de Órgãos e Tecidos: Os Bancos são responsáveis pela retirada, processamento e conservação de órgãos e tecidos para fins de transplante. Em 2000, foram estabelecidas normas de funcionamento e cadastramento e criados os Banco de Valvas Cardíacas, Banco de Olhos (córneas), Banco de Sangue de Cordão Umbilical e Placentário (transplante de medula), Banco de Ossos (enxertos de ossos e tecidos ligamentosos) - revogada pela Portaria GM/MS 1686 de setembro de 2002, em 2002, Banco de Tecidos Musculoesqueléticos.
   
   
7. Registro de Doadores de Medula Óssea: Para o transplante "não aparentado" de medula óssea, é necessária a busca de material doado por pessoas que se dispõem a doar medula para transplante, através do Registro de Doadores de Medula Óssea (REDOME), instalado no Instituto Nacional do Câncer (INCA). Quando os pacientes não têm doador identificado no Brasil, é preciso apelar para uma busca internacional, que, a partir de outubro de 1999, foi inserida na tabela do SUS. Estão incluídos nesse procedimento o custeio de ações destinadas a procurar um doador compatível em Bancos internacionais, realizar os exames necessários, coletar a medula, processá-la e transportar o material do País em que foi coletada até o Centro Transplantador no Brasil.